醫院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
1、醫院污水水質特點
醫院污水的水質特點是含有大量的病原體──病菌、病毒和寄生蟲卵。如結核病醫院污水，每升可檢出結核桿菌幾十萬至幾百萬個。醫院污水還含有消毒劑、藥劑、試劑等多種化學物質。利用放射性同位素醫療手段的醫院的污水還含有放射性物質。醫院污水的水量與醫院的性質、規模及所在地區的氣候等因素有關，按每張病床計一般為每天200～1000升。
醫院污水處理主要是消毒，即殺滅病原體。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒（見水的消毒、廢水氧化處理法）。
醫院排出的放射性廢水常用貯存衰減法處理。醫院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24鈉等是半衰期較短的同位素，因此可以將放射性污水貯存于地下專用衰變水池內,貯存時間為10倍于半衰期,把放射性濃度降到容許排放的程度。如果放射性污水的濃度很低，水量很小，也可用稀釋法處理。中國的《放射性防護規定》要求每一微居里放射性同位素達到容許排放濃度需稀釋水量1.67米3。當放射性污水濃度很高,放射性的半衰期很長，不宜用貯存法和稀釋法處理時，可用蒸發法、離子交換法或凝聚沉淀法進行分離濃縮處理（見放射性廢水處理）。
醫院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，必須進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區可以用太陽能。或者用焚燒法處理（見污泥焚燒）。化學藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果最好。γ射線消毒可用60鈷或一些裂變產物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬倫琴。用此法對污泥消毒不產生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費用較高。
2、醫院污水處理方法
醫院污水處理之曝氣生物濾池法
醫院污水主要來自診療室，病房，化驗室，手術室，洗衣房，行政管理部門以及食堂，宿舍等排放的污水，主要污染物為有機污染物，病原微生物及病毒。醫院污水現在只經格柵除渣及消毒后處理既排放，采用二氧化氯消毒劑，余氯和細菌學指標能達標，但有機物未被去除。為了全面達標，醫院增加了曝氣生物濾池污水處理工藝處理污水。考慮到該醫院污水處理廠占地有限以及水中含有一定量消毒劑的特點，決定采取負荷高，占地少，對進水有機物濃度范圍適應性錢的曝氣生物濾池工藝。
曝氣生物濾池具有以下特點：
(1)有機負荷高，占地少
(2)生物量大，活性高，抗沖擊能力強
(3)具有生物降解反應與過濾雙重功能，不需二沉池
(4)由于濾料的切割作用，氧利用率高
(5)運行穩定可靠，管理方便
3、醫院污水處理之氯化法
(1)次氯酸鈉法。次氯酸鈉是普通的化學試劑，起運輸，儲存和購買都比較方便。次氯酸鈉溶于水生產次氯酸根離子，可用于消毒殺菌，但它不穩定，光照，受潮易于分解，消毒能力很弱。
(2)液氯法。液氯在水中能迅速產生次氯酸根離子。該方法目前已廣泛應用于醫院的污水消毒。液氯中有效氯含量比次氯酸鈉溶液高5-10倍，消毒能力強且價格便宜。由于氯氣是一種強刺激性有毒氣體，因此要用專用的存儲設備進行存儲。
(3)二氧化氯法。二氧化氯是一種強氧化劑，它可以殺滅細菌，繁殖體，真菌和病毒等。有關研究表明，二氧化氯溶于水后，有50%-7o%轉變為次氯酸根離子和亞氯酸根離子，對紅細胞有損害，會干擾人體對碘的吸收，還可以使血液膽固醇升高。因此，目前一般用前兩種方法處理醫院污水。