傳染病醫院（含帶傳染病房綜合醫院）應設專用化糞池。被傳染病病原體污染的傳染性污染物，如含糞便等排泄物，必須按我國衛生防疫的有關規定進行嚴格消毒。消毒后的糞便等排泄物應單獨處置或排入專用化糞池，其上清液進入醫院污水處理系統。 不設化糞池的醫院應將經過消毒的排泄物按醫療廢物處理。
新（改、擴）建醫院，在設計醫院污水處理系統時應考慮將醫院病區、非病區、傳染病房、非傳染病房污水分別收集?，F有醫院應盡可能將受傳染病病原體污染的污水與其他污水分別收集。特殊性質污水（如含重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水等）應單獨收集，經預處理后與醫院污水合并處理，不得將特殊性質污水隨意排入下水道。
放射科廢水、感光廢水，由專業公司回收處理。放射科其他廢水經過衰減池靜置2個月后方可排入綜合污水處理系統。
醫院污水二級處理：二級處理工藝流程為“格柵→預曝氣調節池→新型UBR系統→接觸消毒”。醫院污水通過化糞池進入預曝氣調節池。預曝氣調節池前部設置自動格柵。調節池內設提升水泵，污水經提升后進入新型UBR系統進行生物處理和污泥沉淀，出水進入接觸池消毒，出水達標排放。
